c:\document and setting\Administrator\Application Data\Mozilla\Firefox\Profile\xxxxxx\에 보면 bookmarks.html 파일이 있습니다. 과거 파일은 bookmarkbackups 혹은 bookmarks.bak 등에 저장 되어 있을 가능성이 있습니다.
폴더 내 각 html 파일을 열어 보시면 북마크 내용이 있는데, 가장 최신이라고 생각하는 북마크를 그 상위 폴더의 bookmarks.html과 바꿔 치기 하면 됩니다. 그리고 firefox를 껐다가 다시 켜 보세요.
Application Data 폴더는 숨김 폴더니까 안 보이시면 탐색기 옵션에서 숨김폴더 표시를 켜 주셔야 합니다. 그런데 IE에서 가져오기를 하셨다면 복구가 안될 가능성이 클 것 같군요.